Durante la administración del señor Jorge Villacís, en la Iglesia de La Concordia, surgieron algunos inconvenientes y desacuerdos, por los que el señor Villacís expulsó a la Iglesia de La Concordia de la Misión. Cuando asumí la Dirección Nacional de la Misión Metodista Libre Ecuatoriana en febrero de 1998, realicé una consulta a la Misión Norteamericana, para ver la posibilidad de que la Iglesia de La Concordia regresara al seno de la Misión Metodista Libre Ecuatoriana, cosa que me autorizaron, e inmediatamente, yo personalmente invité a la Iglesia de La Concordia a que se integrara con la Misión, y en el mes de julio de 1998 se le recibe como miembro al pastor René Tufiño y a la Iglesia. En el proceso del trabajo conjunto con el pastor, surgen desacuerdos doctrinales, por lo que el mismo pastor decidió separarse de la Misión.

Sin embargo, se puede resaltar que en la actualidad, la MISIÓN METODISTA LIBRE ECUATORIANA cuenta con ocho iglesias en tres ciudades del Ecuador y es nuestra aspiración llegar a otras ciudades de nuestro país, y para esto contamos con los estudiantes de INSTE (Instituto Teológico por Extensión) para que tomen el desafío y la responsabilidad de servir a Dios.